Tras haber sido suprimida en agosto de 1890, se crea nuevamente la Aduana de Villaviciosa con la categoría de tercera clase. La aduana quedaba a cargo de un empleado pericial que tenía también la responsabilidad de autorizar las operaciones de carga y descarga de la de Lastres, cuya oficina quedaba suprimida al considerarla de menor utilidad que la de Villaviciosa.